在動漫《火影忍者》中穢土轉生最大的增益能力就是可以無限自愈身體，還有無限查克拉，那麼如此強大的能力真的百無一害完美無缺嗎？其實並非如此，穢土轉生也是一步步改良，才成為第四次忍界大戰中藥師兜手中所掌控的完美型。
雖然藥師都自稱自己的穢土轉生是完美的，但其實弱點也很明顯，首先很多靈魂可以昇華，其次就是穢土轉生也有治癒不了的傷口，最明顯的一個就是藥師兜操控的長門的種種表現。長門作為藥師兜最重要的一顆棋子，本應該是捕捉八尾九尾的最佳武器，但是卻被藥師兜玩脫了，甚至被鼬的一招十拳劍秒殺？而造成這一現象是什麼，藥師兜也解釋了：「不是我操作問題，而是長門的腿腳不方便！」
長門其實從剛復活的時候就需要鼬攙扶，這是他生前的後遺症，因為長門的鼎盛時期是雙腿殘障的，那麼穢土轉身為什麼沒有恢復他的雙腿呢？其實這要怪藥師兜偏心，只顧著改良斑，都沒有改良長門的雙腿，更不可能像斑那樣完美無缺。
長門只是單純的復活成了巔峰時期的實力，也就是說此刻的長門本就是雙腿殘障的。即便是吸收了八尾的查克拉勉強站立也沒辦法擁有正常人的靈敏度，所以長門才會被十拳劍秒殺（躲不開）。
除了長門的腿，還有則是鼬的眼睛，在和藥師兜戰鬥時鼬使用伊邪那美。隨之眼睛失明了，可是穢土轉生的增益效果應該是可以將眼睛重生的，但事實上並非如此。鼬控制了藥師兜之後，眼睛失明但是自己仍然是穢土轉生的身體，此刻的右眼睛並沒有恢復，而是一直處于殘障狀態，也就是說穢土轉生是沒有辦法恢復鼬的眼睛的，這是什麼原因？
大機率是因為穢土轉生無法恢復宇智波一族禁術帶來的副作用，這種副作用已經淩駕于肉體之上，是靈魂創傷。穢土轉生只能修復肉體傷害，而沒有辦法對直擊靈魂的傷害修復，這就是穢土轉生最大的缺點。
除了鼬和長門，還有一個人的身體也沒辦法恢復，那就是四代火影。四代火影在第四次忍界大戰中登場，但並沒有表現太多，畢竟不是主角，只能輔助。
而四代火影先後被帶土宇智波斑斬斷了雙手，導致實力大減，只能用嘴使用飛雷神輔助戰友，此刻四代火影也就是一個飛雷神的工具人，而四代火影被求道玉傷害之後就沒有辦法恢復了。
也就是說穢土轉生雖然強，但是面對求道玉等階級的傷害還是沒有辦法免疫，甚至被打中之後無法恢復，求道玉，以及求道玉之上的忍術，穢土轉生沒有辦法恢復，輝夜的共殺灰骨也應該如此。簡單來說，除了禁術，六道之下的技能可以，在六道之上的能力則沒辦法恢復。鼬的眼睛是禁術，長門的腿沒有經過改造前恢復的只是鼎盛時期的狀態，水門則是完美區別了六道上下階級的傷害。
